Durante los años 1899 y 1902 se iniciaron algunas reformas educacionales. Se crea la Secretaría de Instrucción Pública, el cargo de Comisionado de Escuela y la Junta de Superintendente.
En 1899 comienza la formación de técnicos de nivel medio de la salud al fundarse en La Habana la primera Escuela de Enfermería. Posteriormente se fundan varias escuelas incluyendo las provincias de Camagüey y Santiago de Cuba. Se fundaron dos escuelas de oficios para niños desvalidos y dos escuelas correccionales para niños delincuentes bajo la dirección del Departamento de Beneficencia.
Al comenzar el nuevo siglo la situación de la educación primaria, secundaria y preuniversitaria era precaria.
El 8 de Junio de 1909 fue aprobada la Primera Ley Escolar de la República de Cuba. Esta Ley fue muy modificada por otras posteriores y establecía las disposiciones fundamentales para la educación primaria. Los demás centros de instrucción o tipos de enseñanzas se regían por una legislación muy diferenciada.
Entre 1913 y 1921 se crean nuevas aulas de primaria. Se dividieron las escuelas en urbanas y rurales, se introdujo la enseñanza teórica de la agricultura y se fundaron Escuelas Normales en tres provincias: Santa Clara, La Habana y Oriente.
A finales de 1922 los estudiantes universitarios impulsaron reformas que abarcaron transformaciones docentes, académicas y administrativas muy profundas en la Universidad. La Ley Docente de enero de 1937 legisló en relación con la autonomía de la Universidad de La Habana la reorganización de la primera y segunda enseñanza y el establecimiento del Consejo Nacional de Educación y Cultura.
En 1944 se formularon nuevos objetivos para la educación, apoyados en parte por la Constitución de la República aprobada en 1940, a la cual se debe además la creación del Ministerio de Educación.
En la década del 50 era común el desempleo de los maestros, a pesar de la inmensa necesidad de su labor, y de los miles de niños que vivían al margen de la escuela. La instrucción pública languidecía mientras crecía la escuela privada.
La enseñanza industrial se impartía realmente en un sólo centro con nivel equivalente a técnico medio. Los 16 centros restantes sólo preparaban obreros calificados en pequeñas cantidades y su formación era muy limitada por carecer de presupuesto y la base material de estudio necesaria. A pesar de ser Cuba un país agrícola, la enseñanza agropecuaria presentaba una situación crítica, pues sólo contaba con seis granjas escuelas y un instituto forestal con escasas posibilidades de matrícula y de recursos.
El mayor nivel de desarrollo se apreciaba en las escuelas de comercio con los estudios de economía y administración. Existían 11 centros estatales y un número mayor controlado por organizaciones privadas.
La Educación Especial para impedidos físicos y mentales era virtualmente inexistente. Las pocas instituciones que funcionaban sólo tenían un exiguo apoyo estatal y dependían, fundamentalmente, de patronatos particulares.
Había seis Escuelas Normales oficiales, una en cada capital de provincia, para la formación de maestros, con matrículas limitadas, donde era frecuente el fraude para la obtención de plazas y sólo existían tres facultades de Educación en las universidades de La Habana, Las Villas y Oriente.
En el curso escolar 1957-1958, correspondiente a los últimos años del gobierno de Fulgencio Batista, el presupuesto asignado para servicios educacionales fue de 79,4 millones de pesos, unos 11 pesos por habitante.
A partir del año 1959 se inicia una nueva etapa en el sector educacional. El 26 de septiembre de 1960, el líder histórico de la Revolución Cubana proclamaba en la Asamblea General de las Naciones Unidas, que Cuba sería en algunos meses, el primer país de América libre de analfabetismo.
En 1961 se desarrolla la Campaña Nacional de Alfabetización, proceso que permitió inmensos cambios en el orden cuantitativo y cualitativo, ofreció la oportunidad de aprender a leer y a escribir a las personas que no sabían y sentó las bases para que en la actualidad se destaque a la nación cubana por el nivel cultural de su heroico pueblo.
Después de la etapa inicial de trabajo, destinada a resolver las grandes carencias, insuficiencias y deformaciones heredadas y a partir de 1975 los esfuerzos principales para el desarrollo de la educación cubana han estado dirigidos al perfeccionamiento del sistema nacional, a la consolidación de la formación y superación del claustro y a darle integralidad al sector, en armonía con los requerimientos del desarrollo económico y social del país, convirtiendo los centros educacionales en instituciones culturales de la comunidad.
En la actualidad se lleva a cabo el tercer Perfeccionamiento del Sistema Nacional de Educación con el objetivo de flexibilizar y contextualizar los estilos de dirección, el currículo, el trabajo de las instituciones y modalidades educativas, fortaleciendo la preparación de directivos y docentes, concediéndole gran importancia al protagonismo de los educandos, la familia y la comunidad en la vida de las instituciones y modalidades educativas.